Также, как и в любой другой локации, на картах Заражённого корабля встречаются свои секреты. В отличие от секретов Башни, Руин и Луны Орокин, в этой локации нет сложных испытаний и ловушек и они не так тщательно спрятаны. Это связано с тем, что тут из ящиков не выпадают моды. Однако в секретных местах все еще много запирающихся шкафчиков и контейнеров, часто находятся медальоны на миссиях синдикатов и тайники на саботаже улья.
Сквозная вентиляция - с обоих сторон этого участка расположено вентиляционное окно, которое позволит вам пройти через участок не используя платформы сверху, так же внутри есть ответвление, которое приведёт вас в комнату с ящиками и шкафчиками.
Запечатанное окошко - в нижней части участка можно обнаружить вентиляционное окно, которое приведёт вас к перекрытому инфекцией входу в небольшое помещение, которая однако заблокирована инфекцией. Для открытия её необходимо обойти через тоннель сбоку и, используя небольшой просвет над окном (или оружие с пронзанием), взорвать бочку в верхней части комнаты.
Нижний ярус - В этом участке расположено сразу несколько секретных мест; самое простое из них расположено на нижнем ярусе, где вы найдёте несколько шкафчиков.
Верхний ярус - В том же участке располагается небольшой балкон с ящиками и шкафчиками.
Заросшая комната - взорвав бочку, вы найдёте третий тайник этого участка с несколькими ящиками и шкафчиками.
Комната контроля - использовав компьютер Корпуса и отпадающую панель в этом участке, вы сможете проникнуть в закрытое помещение с несколькими шкафчиками и ящиками.
Эвакуация №1 - На одном из эвакуационных участков, под основной платформой, можно обнаружить несколько шкафчиков.
Эвакуация №2 - На втором, отрытом, участке эвакуации справа можно найти ещё одну особую взрывную бочку, которая откроет проход к нескольким шкафчикам.
Контейнер - Взорвав особую бочку рядом с контейнером на этом участке, вы вскроете его и непосредственно из него выпадет награда.
Склад МОА - В отсеке с неактивными МОА роботами, после взлома специальной консоли начнут работать лифты, выбрасывающие МОА уровнем выше. Если встать в один из них, вас закинет наверх, в комнату со шкафчиками.
Взрыв на рельсах - Рядом с подвижным компьютерным терминалом Корпус, вы сможете найти взрывную бочку, которая откроет небольшое помещение с ящиками и шкафчиками.
Подрыв двери - В этом участке вы также обнаружите особую взрывную бочку, которая поможет вам выбить дверь и проникнуть в помещение за ней.
