Penetração é uma mecânica que permite que as armas disparem através de objetos, coberturas e até mesmo inimigos. Penetração é tipicamente concedido através de Mods, apesar de certas armas possuírem valores de perfuração inatos.
Um mod básico de Penetração, sem nível, dá um valor de pelo menos 0,1 metros, o que é suficiente para ignorar o escudo antimotim do Shield Lancer. Assim, um atirador habilidoso seria capaz de estimar a localização dos pontos fracos dos inimigos enquanto eles estão em cobertura e acertar um tiro ou dois sem esperar que o inimigo espreite para fora da cobertura. Valores maiores podem potencialmente permitir a penetração de muitos inimigos de uma só vez, e podem ser um multiplicador de dano efetivo quando usados contra enxames de inimigos.